事业单位在编职工工资总体是按劳动人事局核对发的。但单位有权按职工表现事业单位工资待遇标准不对怎么办、工作业绩完成情况，实行奖惩。即具体的标准可不按劳动人事核对的发。
事业单位工资改革的一个重点，就是打破大锅饭，按岗位能力和工作表现、工作业绩，重新分配和奖惩。因此，按人事部门核发的工资标准有具体标准，和总体标准。允许总体标准不突破的前提下，对具体标准的个人表现和业绩进行调整和奖惩。以大体符合多劳多得，不劳少得原则。
事业单位不按劳动法发放工资怎么办
我国“劳动法”
第二条 中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。
国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。
第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
你可以向当地的劳动部门投诉
同一单位因为事业编和企业编工资待遇不一样
很正常，这个没有什么可惊讶的。努力争取事业编制吧。